Dukungan dari lembaga-lembaga donor atau funding adalah salah satu unsur penting keberhasilan PSKK UGM dalam menjalankan berbagai kegiatannya seperti penelitian, workshop, seminar, pelatihan, hingga publikasi. Hingga kini, ada banyak lembaga donor yang telah berkontribusi baik dari dalam negeri maupun dari luar negeri.
Lembaga donor dari dalam negeri berangkat dari unsur pemerintah seperti Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, Kementerian Kesehatan, Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi, Kementerian Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat, Kementerian Lingkungan Hidup, Kementerian Sosial, Kementerian Riset dan Teknologi, Badan Koordinasi Keluarga Berencana Nasional, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), Biro Pusat Statistik, unsur-unsur pemerintah daerah, dan lain sebagainya.
Sementara untuk lembaga donor dari luar negeri, PSKK UGM pernah menjalin kerjasama dengan lembaga-lembaga Perserikatan Bangsa-Bangsa (UN) seperti UNFPA (United Nations Fund for Population Activities), UNESCO (United Nations Education Scientific and Cultural Organization), ILO (International Labor Organization), WHO (World Health Organization), UNDP (United Nations Development Program), UNICEF (United Nations Children’s Fund), serta UNWOMEN (United Nations Entity for Gender Equality and The Empowerment of Women).
Kemudian ada juga lembaga donor asing lain seperti American Center for International Labour Solidarity, AMAN (Asian Muslim Action Network), AusAID (The Australian Agency for International Development), USAID (U.S. Agency for International Development), The Ford Foundation, The Asia Foundation, The Rockefeller Foundation, Neys-van Hoogstraten Foundation, PLAN Intenational, RAND Santa Monica, World Bank, The New Venture Fund (Bill & Melinda Gates), NORAD (Norwegian Agency for Development Cooperation), British Pretoleum Indonesia, serta Exxon Mobil Indonesia. []