PSKK UGM terus memelihara dan memperkuat jaringan atau hubungan kerja sama dengan pusat-pusat penelitian baik dari dalam negeri maupun dari luar negeri. PSKK UGM merupakan anggotaAsia Pasific Migration Research Network (APMRN) yang melibatkan 12 pusat penelitian dari 12 negara di kawasan Asia Pasifik. Sebagai perwakilan dari Indonesia, PSKK UGM bertindak sebagai koordinator nasional untuk jaringan penelitian migrasi nasional, yang di dalamnya melibatkan pusat-pusat penelitian lain dari semua negara anggota.
PSKK juga terlibat aktif dalam The Southeast Asian Consortium on Gender, Sexuality, and Health. Anggota konsorsium merupakan lembaga-lembaga pendidikan terkemuka serta instansi non pemerintah yang memiliki perhatian terhadap isu gender, seksualitas, dan kesehatan. Mereka yang terlibat antara lain berasal dari Kawasan Mekong Besar seperti Thailand, Kamboja, Vietnam, Laos, Provinsi Yunan di Cina, Filipina, dan Malaysia. Kegiatan konsorsium meliputi penelitian kolaborasi, program penghargaan penelitian bagi para peneliti muda, kursus kepemimpinan, advokasi, hingga publikasi. Lembaga donor yang mendukung kegiatan ini adalah The Rockefeller Foundation yang berkantor di Bangkok, Thailand.
Selain aktif di dalam jaringan serta konsorsium internasional, PSKK juga melakukan berbagai kolaborasi penelitian serta pendampingan. Kegiatan ini melibatkan lembaga-lembaga di Indonesia seperti Kementerian, BKKBN, BPS, LIPI, pemerintah daerah, serta perusahaan-perusahaan swasta. Sejak 2003 misalnya, PSKK memiliki program penelitian dan pendampingan jangka panjang bersama British Petroleum Indonesia. Mulai dari program pembangunan kapasitas pemerintah daerah di wilayah yang terkena dampak langsung (Direct-Affected Villages) Proyek Tangguh LNG, hingga ISP Governance Program di Kabupaten Bintuni yang berlangsung selama tiga tahun. Pada pertengahan 2013, PSKK juga melakukan kolaborasi penelitian dengan Tim Nasional Percepatan Penanggulangan Kemiskinan (TNP2K), antara lain Survei Kualitas Pendidikan Anak (SKPA), Survei Kesejahteraan Rumah Tangga Indonesia (SKRI), serta Survei Pelayanan Kesehatan dan Pendidikan (SPKP).
Untuk lembaga serta universitas dari luar negeri, PSKK pernah melakukan kolaborasi penelitian dengan World Bank, UNICEF, ISEAN-HIVOS, AusAID, Asia Research Institutes-National University of Singapore, Nara Women’s University, Japan, serta Universitas Amsterdam, ISS Den Haag, dan Universitas Nijmegen atas prakarsa pemerintah Belanda melalu organisasinya, Royal Netherlands Academy of Sciences (KNAW). Pada November 2012, PSKK bersama Radboud University Nijmegen menyelenggarakan Intensive Course–Researching New Indonesian Frontiers, pelatihan intensif bagi para calon penerima beasiswa S3. Program New Indonesian Frontiers-Stuck Between Market, State, Civil Society, and the Contest over Natural Resources merupakan program penelitian yang didanai oleh Royal Netherlands Academy of Sciences (KNAW), Kementerian Riset dan Teknologi Indonesia, dan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia. Hingga saat ini, PSKK UGM terus memperluas jaringan dengan lembaga serta universitas lainnya di Eropa. []